Die Pfarrkirche ist dem heiligen Urban geweiht, dem Schutzpatron der Weinhauer, dessen Fest jährlich am 25. Mai gefeiert wird.
Der Name Brunnkirchen leitet sich von einer kleinen Kapelle ab, die neben einer Heilquelle errichtet worden war (erstmals 1530 genannt). Belegt ist auch deren Zerstörung durch die Türken 1529. Um 1618 wurde eine Kirche mit Gewölbe und Turm erbaut. Abt Bessel vom Stift Göttweig veranlasste 1730 eine Vergrößerung der Kirche nach Plänen von Lukas von Hildebrandt, der auch das Stift Göttweig in der heutigen Form plante. Am 15. April 1784 wurde Brunnkirchen im Zuge der Reformen von Kaiser Josef II zur Pfarrkirche erhoben. Bis dahin war das heutige Pfarrgebiet von der Pfarre Mautern aus seelsorgerisch betreut worden. Die Ausgestaltung der Kirche (Orgel, Glocken, Innenmalerei, ...) wurde zum Großteil von den in Thallern ansässigen Bergleuten gespendet.
Die Fresken (Hl. Urban in der Kuppel und die vier lateinischen Kirchenväter) sowie die gemalte Kassettendecke und alle übrigen Wandmalereien werden dem Steiner Kirchenmaler Andreas Rudroff (1744 - 1819), einem Schüler des  sogenannten Kremser Schmidt, zugeschrieben.
Auch das Gemälde der Hl. Barbara, der Bergbaupatronin, stammt aus der Schule des Kremser Schmidt.

Die Orgel, ein Werk des Orgelbaumeisters Joseph Gatto wurde 1784 angeschafft.

1987 wurde die Kirche außen renoviert und neu eingedeckt.

1990 wurden drei der vier Glocken in der Glockengießerei Grassmayr in Innsbruck neu gegossen. Am 23. September 1990 weihte +Abt Dr. Clemens Lashofer vom Stift Göttweig die neuen Glocken. Die Glocken tragen Reliefs des Hl. Altmann, der Hl. Barbara und Maria mit dem Kinde. Glockenpatinnen waren Marianne Sedelmaier aus Thallern (für die Agrargemeinschaft), Elfriede Blecha aus Brunnkirchen (für die IG-Brunnkirchen) und Barbara Reinberger aus Tiefenfucha, die die Anschaffung der Glocken großzügig unterstützt haben.

2001/2002 erfolgte die Neugestaltung und Vergrößerung des Pfarrheimes.

2004 wurde der Altarraum mit einem Volksaltar ausgestattet.

Von Juni bis Oktober 2008 wurde unsere Pfarrkirche innen renoviert. Im Zuge der Renovierung wurde auch die Bestuhlung aus den Jahren 1784/85 entfernt und durch neue Kirchenbänke ersetzt. Den Festgottesdienst zum Abschluss der Renovierungsarbeiten zelebrierte +Abt Dr. Clemens Lashofer.

Die  Orgel erklang zum ersten Mal nach 1 1/2 jährigerRestarurierungszeit wieder im November 2009.  Sie wurde von Abt Columban Luser geweiht. (Feiertext)